A Marvel Comics foi fundada por volta de 1930 e 1940 por Martin Goodman, com o nome de Timely Comics. Goodman, um editor de revistas pulp que começou a vender histórias de faroeste em 1933, expandiu suas atividades para um emergente - e até então bastante popular - mercado de revistas de histórias em quadrinhos originais. Goodman começou a empresa na 330 West 42nd Street, New York City, New York. Ele oficialmente detinha os títulos de editor, editor-executivo e gerente de negócios, com Abraham Goodman ocupando oficialmente o cargo de publisher. A primeira publicação ocorreu em 1939, com o número um da revista Marvel Comics, onde se deram as primeiras aparições do super-herói Tocha Humana e do anti-herói Namor, o Príncipe Submarino. A equipe por trás desse sucesso de vendas veio de uma outra publicação, Funnies, Inc., mas no ano seguinte, a própria equipe da editora ocupou o lugar. Com a segunda edição, o título da série mudou para Marvel Mystery Comics.
O primeiro editor de quadrinhos da Marvel, o também roteirista e desenhista Joe Simon, se juntou a quem logo seria considerado uma lenda das HQ, Jack Kirby, para criar o primeiro herói patriota, o Capitão América, em Captain America Comics #1. (Março 1941). Capitão América logo virou um sucesso com uma circulação de quase um milhão. Portanto, nos anos 40 a Timely tornou-se muito conhecida.
Em 1939, Goodman contratou o primo de sua esposa, Stanley Lieber, como auxiliar de escritório em geral. Quando o editor Simons deixou a companhia no final de 1941, Goodman fez de Lieber - até então a escrevendo sob pseudônimo como "Stan Lee" - editor provisório da linha de quadrinhos, uma posição que Lee manteve durante décadas, exceto por três anos durante o serviço militar na II Guerra Mundial. Lee escreveu extensivamente para a Timely Comics, contribuindo para vários títulos diferentes.
O mercado americano de quadrinhos de super-heróis caiu no pós-guerra. A Editora de Goodman deixou de publicar a maior parte, e expandiu-se para uma ampla variedade de gêneros que a Timely Comics ainda não havia publicado, com ênfase no gênero de horror, faroeste, humor, animais e historietas cômicas,crime, quadrinhos de guerra, e posteriormente, acrescentando uma porção de revistas da selva, títulos de romance e até mesmo espionagem, aventura medieval, histórias da Bíblia e esportes. Como outras editoras, Goodman também cortejou as leitoras com quadrinhos principalmente humorístico sobre modelos e mulheres famosas.
Nos anos 50, a Marvel atravessou tempos difíceis, da mesma maneira que as outras editoras. Goodman começou a publicar com o nome de Atlas, uma distribuidora de sua propriedade, em Novembro de 1951. Atlas, ao invés de inovar, seguia as tendências populares na televisão e no cinema - faroestes e dramas de guerra em vigor por um tempo, monstros de cinema drive-in em outro - e mesmo outras revistas em quadrinhos, especialmente a linha de terror da EC Comics.9 A Atlas também publicou uma infinidade de títulos para crianças e humor adolescente, incluindo Homer the Happy Ghost de Dan DeCarlo (fantasma à la Gasparzinho) e Homer Hooper (adolescente à la Archie Andrews). A editora tentou sem sucesso ressuscitar super-heróis entre 1953 e 1954, como o Tocha Humana (arte de Syd Shores e Dick Ayers, alternadamente), Namor (quase todas histórias escritas e desenhadas por Bill Everett) e Capitão América (escritor Stan Lee e desenhada John Romita Sr.). A Atlas tinha no minímo cinco escritores oficiais(chamados oficialmente de editores) além de Stan Lee: Hank Chapman, Paul S. Newman, Don Rico, Carl Wessler e o futuro cartunista da Revista MAD, Al Jaffee.
No final dos anos 50 e início dos 60, o sucesso inicial da DC Comics ao reviver o gênero de super-heróis nas histórias em quadrinhos (principalmente com a Liga da Justiça) fez com que a Marvel seguisse o mesmo caminho. Os principais expoentes desta época foram os seus empregados Stan Lee (edição e argumento) e Jack Kirby (arte), responsáveis pela criação do Quarteto Fantástico. A revista foi um enorme sucesso o que levou a Marvel a publicar outros títulos de super-heróis, entre os quais se destacou o gibi do personagem Homem-Aranha, criado por Stan Lee e Steve Ditko.
As histórias da Marvel distinguiam-se das demais pelo universo em que se desenvolviam ter características mais próximas da realidade, sendo muito mais humanizado e verossímil, além do que seus personagens eram muito mais originais, bem-bolados e diferentes uns dos outros. Os argumentos exploravam a caracterização dos personagens. No caso do Homem-Aranha, ele era um jovem herói com alguma falta de auto-estima e muitos problemas mundanos, semelhantes ao de muitos adolescentes. O Demolidorera cego e enfrentava alguns problemas relacionados à sua deficiência física. Este novo olhar acabou por incentivar uma revolução nas histórias em quadrinhos (banda desenhada) estadunidenses com o passar do tempo. Até mesmo a concorrente DC Comicsadotou algumas inovações realizadas pela Marvel em suas histórias, sem entretanto, alcançar seu sucesso. Stan Lee ganhou prestígio e foi durante alguns anos o diretor da empresa.
No início dos anos 70, uma série de novos directores trabalharam para a empresa em mais uma época não favorável para esta indústria. No entanto, no final dessa década, a Marvel estava novamente de boa saúde, graças a novas estratégias de marketing na distribuição e à renovação do título dos X-Men, arquitetado principalmente por Chris Claremont e John Byrne.
Nos anos 80, Jim Shooter era o diretor. Apesar da sua personalidade controversa, conseguiu eliminar alguns dos males da empresa - como a não publicação das revistas no prazo devido - e promover mais um renascimento criativo na Marvel, fazendo com que seus gibis tornassem-se ainda mais vendidos .
Em 1988, a Marvel foi comprada pelo investidor/empresário Ronald Perelman, que colocou a empresa na Bolsa de Nova Iorque e promoveu o aumento do número de títulos publicados. Entretanto, a empresa vendeu o seu catálogo de animação à Saban Entertainment e fechou permanentemente o estúdio de animação, optando por contratar terceiros para produzir seus projetos de animação.
A Marvel ganhou bastante dinheiro no início dos anos 90 devido ao boom das histórias em quadrinhos (banda desenhada) nos Estados Unidos, mas no meio da década enfrentou graves problemas financeiros, com acusações de que Perelman havia tirado todo o dinheiro da empresa em proveito próprio. Como consequência, a Marvel anunciou que o seu distribuidor exclusivo passaria a ser o Heroes World, que fez com que toda a indústria de distribuição de revistas de histórias em quadrinhos (banda desenhada) sofresse um grande abalo. A perda potencial da maior empresa da indústria, originou o encerramento das atividades da maioria dos distribuidores. No momento, existe apenas uma grande distribuidora de histórias em quadrinhos (banda desenhada) nos Estados Unidos: a Diamond Distribution. Muitos peritos julgam que esse fato causou um imenso dano à indústria das histórias em quadrinhos (banda desenhada).
No auge da crise,o investidor Carl Icahn tentou obter o controle da Marvel, mas após arrastadas batalhas jurídicas, o controle da empresa foi entregue em 1997 à Isaac Perlmutter, proprietário da Toy Biz, uma das empresas do grupo. Com o seu sócio Avi Arad e os seus nomeados (e controversos) editor Bill Jemas e diretor Joe Quesada, Perlmutter reergueu a Marvel. Além da revitalização das revistas da empresa, alguns dos seus personagens foram licenciados para se tornarem filmes de sucesso, principalmente X-Men,X-Men Origins: Wolverine, Homem-Aranha, Quarteto Fantástico, Hulk, Homem de Ferro, Thor, Justiceiro, Demolidor e Blade.
A Marvel mantém-se por décadas como a principal editora estadunidense de histórias em quadrinhos (banda desenhada), mesmo numa altura em que a indústria é apenas uma fração do que foi décadas atrás. Há pelo menos três décadas, a principal concorrente,DC Comics, está muito abaixo da Marvel em vendas e fracassa constantemente em suas tentativas de aproximar-se da Marvel em vendas. Enquanto os personagens da DC que podem ser considerados famosos jamais ultrapassam o número de seis, os da Marvel continuam crescendo constantemente, à medida que a mesma apresenta ao público não-leitor de quadrinhos seus originais, interessantes e bem-bolados personagens. Enquanto há duas décadas o grande público conhecia apenas alguns dos mais famosos e bem-sucedidos personagens da Marvel (como o Homem-Aranha, Hulk, Homem-de-Ferro, Capitão América, Tocha Humana, Thor e Surfista Prateado) hoje são famosos entre os nã-leitores de quadrinhos personagens como Wolverine e os X-Men, Justiceiro, Demolidor e Motoqueiro Fantasma. Além disso, principalmente através do cinema e desenhos animados, a Marvel vem apresentando, sempre com enorme sucesso, ano após ano, seu gigantesco acervo de personagens maravilhosos.
Stan Lee já não está oficialmente ligado à empresa, mas permanece sendo o nome mais conhecido e importante na indústria e ocasionalmente demonstra o seu carinho pelos personagens, em edições especiais ou declarações públicas.
Em 2001, a Marvel Comics retirou-se da Comics Code Authority e estabeleceu o seu próprio sistema de classificação para as suas revistas . Criou também novas linhas editoriais, incluindo uma destinada a adolescentes mais velhos (Marvel Knights) e outra a adultos: a (MAX). Outro fator marcante na história da Marvel no início do novo milênio foi sua parceria com Hollywood, que resultou em várias adaptações de sucesso, iniciadas com o filme do Homem-Aranha, em 2002.
Em 2006, a Marvel lançou uma Mega-Saga intitulada Guerra Civil, onde a comunidade heróica viu-se dividida, devido a uma Lei de Registro de Super-Humanos . Essa saga discutiu, de maneira profunda, vários fatores políticos e éticos, aumentando ainda mais a verossimilhança do Universo Marvel com o universo real. Nestes mesmo ano a empresa criou sua própria enciclopédia wiki em seu website.
Em 2007 a empresa inovou novamente, anunciando a Marvel Digital Comics Unlimited, um arquivo digital de cerca de 2.500 edições de histórias em quadrinhos antigas, disponíveis para leitura após o pagamento de uma pequena taxa mensal ou anual.
Em 2009, a Walt Disney Company comprou a Marvel Entertainment por 4 bilhões de dólares em dinheiro e ações.
A editora norte-americana apresentou em fevereiro de 2014 uma nova personagem de banda desenhada: a super-heróina Kamala Khan, uma pacata adolescente de Jersey, capaz de mudar de forma e que é muçulmana.